Управление Учреждением осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом Учреждения, осуществляющим непосредственное руководство Учреждением является прошедший соответствующую аттестацию Директор, принимаемый на эту должность и увольняемый с нее распоряжением Комитета по образованию Киришского района по согласованию с Администрацией Киришского муниципального района.
Коллегиальными органами управления гимназией являются:
Общее собрание работников МОУ «Гимназия» г. Кириши,
Педагогический совет МОУ «Гимназия» г. Кириши,
Совет МОУ «Гимназия» г. Кириши,
Наблюдательный совет МОУ «Гимназия»,
Методический совет,
Родительский совет,
Совет обучающихся.